Для сохранения и укрепления здоровья обучающихся в лицее имеется медицинский блок, оборудованный для медицинского обслуживания обучающихся, в том числе инвалидов и лиц с ограниченными возможностями, который включает процедурный кабинет, изолятор, кабинет фельдшера.
Медицинский контроль за состоянием здоровья обучающихся осуществляется ГУЗ «Городская детская поликлиника №4». В лицее также работает оборудованный кабинет педагога –психолога с сенсорной комнатой для релаксации участников образовательной деятельности, в том числе для инвалидов и лиц с ОВЗ.
В лицее организована работа по пропаганде здорового образа жизни. Обучающиеся в ГОУ «ЗабКЛИ» получают глубокие знания о ценности здоровья, умения и навыки необходимой двигательной активности, мотивацию поведения здорового человека, неприятие вредных и формирование полезных привычек.